Метастоп относится к комплексным препаратам растительного происхождения.
Механизм действия лекарственного препарата определяется фитотерапевтической активностью биологически активных веществ экстрактов из растительного сырья. 
Полисахариды, содержащиеся в грибе шиитаке, в том числе лентинан (С6Н10О3)n, проявляют противоопухолевую и антиметастатическую активность. Канцеростатический эффект лентинана является, в основном, результатом активации выработки перфорина. D-глюкан связывается с поверхностным слоем лимфоцита или со специфическим сывороточным белком, который активирует макрофаги, Т-клетки, NK-клетки и другие эффекторные клетки. Это приводит к увеличению продукции антител, интерлейкинов (IL-1 и IL-2) и интерферона (IFN). Полисахарид KS-2 так же обладает противоопухолевыми свойствами за счет индукции интерферона и стимуляции Т-лимфоцитов. Полисахарид ланофил, содержащийся в грибах рейши, предотвращает рост и метастазирование широкого круга опухолей путем активизации макрофагов и Т-лимфоцитов, стимуляции выработки интерферона. Птерины, содержащиеся в чаге, обладают цитостатическим действием, задерживают начальные стадии опухолевого процесса. Лигнановый агликон арктигенина (действующее вещество лопуха) обладает прямой  противоопухолевой активностью. Индолы (дииндолилметан) брокколи нейтрализуют эстрогены. Ханерол кипрея обладает широким противоопухолевым действием, в том числе при раке молочной железы. 
Гликозид трифолизин, содержащийся в клевере, обладает выраженным антиметастатическим действием за счет снижения скорости роста капилляров.